Organe des Verbandes sind:

Der Vorstand besteht aus dem Vorsitzenden, dem stellvertretenden Vorsitzenden und dem Caritasdirektor. Dieser ist Geschäftsführer des Verbandes. Die beiden Vorsitzenden werden durch den Verbandsausschuß gewählt. Der Geschäftsführer wird im Benehmen mit den beiden Diözesan-Caritasverbänden München und Regensburg bestellt. Die Amtsdauer des Vorstandes erlischt erst mit der Eintragung des neuen Vorstandes im Vereinsregister.